Simulator ns-3 nije naredna niti unaprežđena verzija simulatora ns-2, već se radi o potpuno novom programu. Nije  predviđžena uzajamna kompatibilnost, pa se simulaciona skripta za ns-2 ne mogu direktno primeniti u ns-3. Pitanje koje se često postavlja je koji od ova dva srodna simulatora treba izabrati za rad. Najbolje bi bilo da se nauče oba i da se odabere onaj koji je pogodniji za konkretnu primenu. Ukoliko to nije moguće, preporuka je da se novi projekti započinju u alatu koji se aktivnije razvija, a to je ns-3.

Preporučuje se instaliranje simulatora pod operativnim sistemom Linux. Programski kod je napisan u jeziku C++, dok se sama simulacija izvršava po principu simulacije diskretnih dogažaja.

Struktura Quagga protokolskog okruženja sačinjena je od daemon-a, procesa koji funkcionišu kao apstraktni sloj (layer) u okviru Unix kernel-a i tako omogućavaju neprestani rad protokola za rutiranje saobraćaja. Naime, svaki implementirani protokol za rutiranje operiše na zasebnom daemon-u nezavisno od ostalih, a njihovim radom upravlja poseban daemon – Zebra. Zebra, pored okruženja za upravljanje radom protokola, predstavlja i protokol za statičko rutiranje. Kao celina, ovi daemon-i čine jedinstvenu platformu i omogućavaju rad sa informacionim paketima, odnosno obavljaju funkciju rutiranja saobraćaja. Kako svakom protokolu odgovara poseban, nezavistan daemon, lako se implementira ili uklanja novi protokol bez uticaja na rad prethodno konfigurisanih protokola za rutiranje. Takođe,  ako su protokoli pravilno konfigurisani, u najvećem broju slučajeva nije neophodno, a ni preporučljivo, da svi ovi daemoni budu istovremeno aktivni na istoj platformi. Ovime se štede resursi DSP (Digital Signal Processing) procesora i omogućava pouzdaniji i brži rad rutera.

Prednosti ovakve modularne arhitekture sa više procesa – daemona, ogledaju se u skalabilnosti, lakom dodavanju i uklanjanju protokola, a stoga i lakšem održavanju sistema.